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根系掃描儀是一套用于洗根后專業根系分析系統，還可以用于根盒培養植物的根系表型分析，可以分析根系長度、直徑、面積、體積、根尖記數等，功能強大，操作簡單，軟件可分析植物根系的形態分析及根系的整體結構分布等，廣泛運用于根系形態和構造研究。
植物根系圖像分析儀利用高質量圖形掃描儀獲取高分辨率植物根系彩色圖像或黑白圖像，該掃描儀在掃描面板下方和上蓋中安裝有專門的雙光源照明系統，并且在掃面板上預留了雙光源校準區域。此外，還配備有不同尺寸的專用、高透明度根系放置盤。掃描時，掃面板下的光源和上蓋板中的光源同時掃過高透明度根盤中的根系樣品，這樣可以避免根系掃描時容易產生的陰影和不均勻等現象的影響，有效地保證了獲取的圖像質量。
植物根系分析系統可以讀取TIFF，JPEG標準格式的圖像。針對獲取的圖像，利用插入jia密狗解密的軟件，對掃描獲得的高質量根系圖像進行分析。采用非統計學方法測量計算出交叉重疊部分根系長度、直徑、面積、體積、根尖等基本的形態學參數。從而滿足研究者針對植物根系不同類別和層次的研究。
植物根系分析儀能進行根系的顏色分析，確定出根系存活數量，輸出不同顏色根系的直徑、長度、投影面積、表面積、體積。能進行根系的拓撲分析，自動確定根的連接數、關系角等，還能單獨地自動分析主根或任意一支側根的長度、面積、體積等，可單獨顯示標記根系的任意直徑段相應各參數（可不等間距地自定義）。
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